由于制藥行業(yè)的重要性和特殊性，各個企業(yè)都有適合自身實際情況的績效管理體系。但是從總體上來看，目前我國制藥企業(yè)的績效管理體系或多或少存在以下的缺陷：

1 績效管理體系不能體現(xiàn)企業(yè)的發(fā)展戰(zhàn)略

我國一些制藥企業(yè)，特別是中小制藥企業(yè)，沒有明確的愿景使命和戰(zhàn)略目標，很多決策都是高層管理者根據(jù)直覺和經(jīng)驗制定的。一些企業(yè)，即使有清晰的戰(zhàn)略發(fā)展規(guī)劃，其績效管理也僅僅是對財務狀況、產(chǎn)值、員工業(yè)績等指標的簡單考核，重視結(jié)果，忽視行為過程，并沒有通過對公司資源的有效的規(guī)劃、組織和使用，來實現(xiàn)組織的戰(zhàn)略目標。也沒有通過績效管理指標，將企業(yè)的戰(zhàn)略轉(zhuǎn)化為可衡量的行為。這就使得企業(yè)的戰(zhàn)略不能層層分解，逐級傳遞，員工們僅僅各司其政，而沒有為企業(yè)的長遠戰(zhàn)略共同努力。

2 績效管理指標設計不合理

首先，財務指標比重過大。在過去較長一段時間，我國制藥企業(yè)大部分采用傳統(tǒng)的以財務為導向的績效考核體系。傳統(tǒng)績效管理是完全基于結(jié)果的回顧性績效考核，衡量企業(yè)業(yè)績的指標是看短期的利潤回報，最典型的例子是改革開放之初的國有企業(yè)的“承包責任制度”。傳統(tǒng)績效考核指標體系過度依賴財務指標，沒有涉及到企業(yè)發(fā)展的方方面面，使得“企業(yè)的持續(xù)經(jīng)營”這一核心價值目標沒有被納入績效管理的考察范圍，其最直接的影響就是使企業(yè)的經(jīng)營管理過于看重短期行為，這與我國目前所倡導的可持續(xù)發(fā)展是不一致的。其次，非財務指標不夠完善。在現(xiàn)行的績效評價方法中，非財務指標都是評估指標，沒有給出計量方法，主觀隨意性較強。

3 關鍵績效指標權(quán)重設計不合理

事實上，在我國制藥企業(yè)的績效評價當中，指標權(quán)重的設定大多主觀性比較強，評價結(jié)果的客觀性比較差，難以準確反映現(xiàn)實經(jīng)濟情況。權(quán)重設計應當充分考慮企業(yè)績效評價主體的具體要求。此外，指標體系在設計權(quán)重時，未能考慮企業(yè)的特點及經(jīng)營環(huán)境的區(qū)別，不同的制藥企業(yè)或不同的經(jīng)營環(huán)境，其盈利水平及合理的償債指標、盈利率等各不相同，不加區(qū)分的使用不能滿足績效評價工作的實際需要。

4 績效指標在設計上，內(nèi)部邏輯關系不明顯

指標的選擇存在重疊和過細的現(xiàn)象，使得員工在工作過程中會出現(xiàn)生搬硬套、教條的情況，過于重視指標中所考核的表面工作，而缺乏適當?shù)膭?chuàng)造力，忽略了實現(xiàn)企業(yè)和個人價值的關鍵性工作。

5 評價結(jié)果不能發(fā)揮其應有的作用

我國制藥企業(yè)目前對績效評價結(jié)果的運用還處于探索實施階段，評價結(jié)果還沒有發(fā)揮其應有的作用。主要表現(xiàn)在評價結(jié)果沒有與獎懲和管理者任免掛鉤，不能充分發(fā)揮其約束激勵作用，原因主要是沒有相應的政策和制度性的保障措施，以及地方政府的重視與支持不夠。